Re: [閒聊] 這篇paper有點油

看板 C_Chat

作者 Nsquare

時間 2021-01-15 01:53:53

留言 104則留言，68人參與討論

推噓 73 ( 74推 1噓 29→ )

討論串 2

※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之銘言： : 這篇paper有點油，我都不看的peko : https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg

: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si : mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules 此篇 Paper 是計算化學領域的文章，刊登在歐洲的期刊 PCCP 上 (physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123) 計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式，來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法，畢竟只需要計算資源和電費。個人讀paper習慣順序為：標題－＞摘要－＞圖－＞結論我們一起用這個結構來看看這篇文章標題：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational Properties of Free Molecules 先做個簡單的名詞解釋 Vibrational Property 振動性質，通常是在講分子振動模式，舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定的振動模式，大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此（微波其實是讓水分子轉動） Free Molecules 硬要翻譯就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影響的分子，通常是在氣態(gas phase)，李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態，可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。舉例來說，一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號，然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號，如圖：https://imgur.com/iiTrSkd（圖A:液態水vs五個水分子團）

繼續讀到 Abstract 他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC) 與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB 好耶！太多名詞了講下去應該會沒完沒了，我們直接跳到圖四吧！ ============================================================================== https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg

Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而揮舞的雙手代表著硫(S)原子雙手往上下揮動代表 bending vibration，伸直出拳的方向則代表 stretching　vibration，是兩種不同的振動模式而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。 BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一， 6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍，通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set ============================================================================== 回到 Abstract，其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現實際上看到 Table 4 也是如此，對比 MC vs MC+QA，發現 l(C-S) 和 l(S---S) 兩項 vibration 的距離經過量子效應修正都更接近實際的實驗數據(Exp.) 這也是結論要講述的概念，但這邊用了一個字 a "posteriori" quantum corrections 代表我們該選用哪一種 quantum corrections 也是得憑經驗，沒有人一開始就知道該怎麼做，往往需要花費不少代價做前置測試，才摸索出正確的道路，正像是鳳凰院凶真不斷地跳躍世界線，才抵達真正的結局。 Molecular Dynamic (MD):分子動力模擬，隨機方向動能後計算受力與能量，　　　　　　　　　　　在時間間隔選取得很小的情況下能量與結構計算才會精準 Monte-Carlo (MC):蒙地卡羅模擬，蒙地卡羅為因賭博成名的城市，　　　　　　　　以機率判定來決定是否移動計算位能面，適合描述低點 DFT:1964年由 Walter Kohn 和 Pierre Claude Hohenberg 發現電子密度和能量(結構)有一對一的函數關係題外話，李遠哲之父為李澤藩，最近他的部分畫作在《不朽的青春》北師美術館展出展覽免費但只到這周日，歡迎大家有空去看！ --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.194.179.237 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/C_Chat/M.1610646836.A.C20.html

1^F推Ttei: 原來如此peko 01/15 01:57

2^F推mameshibu: 沒錯我也是這麼認為的 01/15 01:57

3^F推aaa5118: 你不要這麼專業好不好 01/15 01:58

4^F推qpb852qpb742: 嗯跟我想的差不多 01/15 01:59

5^F推bobby4755: 雖然看不懂但還蠻意外助手是有代表東西的 XD 01/15 02:00

6^F推wadechen666: 恩原來如此我知道了peko 01/15 02:02

7^F推fragmentwing: 所以你覺得這篇有什麼意義（聽說評委很愛問這個） 01/15 02:03

8^F→fragmentwing: 而且這篇結論被問這種問題的機率應該又高了不少 01/15 02:04

不要拿當年被問的問題荼毒別人阿XD 這篇的貢獻其實是他教你用簡單省錢的方法做出不錯的結果當年CCSD和MP2這種精確但貴的方法一跑就是一兩個月起跳，用他的方法可能花一天計算結果就出來了

9^F推arrenwu: 至少我知道計算化學是研究如何設計好的模擬系統來減少 01/15 02:05

10^F推Bansar: 嗯嗯跟我想的一樣 01/15 02:05

11^F→arrenwu: 需要做的實驗了 01/15 02:05

12^F→morichi: 這份研究的貢獻是什麼peko 01/15 02:05

13^F→arrenwu: 只是這篇涉及微觀世界的成分太高我就看不是很懂了 01/15 02:05

14^F→morichi: 這份研究的問題為什麼重要peko 01/15 02:05

15^F推qqq3892005: 嗯嗯跟我想的一樣 01/15 02:06

16^F→morichi: 我被問的問題4這樣 01/15 02:06

17^F推arrenwu: 貢獻跟為什麼重要其實算是同一個問題吧XD 01/15 02:07

18^F噓IllMOR: 紅明顯，這張圖是真的嗎，怎麼就直接登上去沒被擋下來 01/15 02:08

19^F推hong1310: 說中文== 01/15 02:08

20^F→arrenwu: @I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊連結在這 01/15 02:09

21^F→IllMOR: 然後就算是真的caption也應該要寫清楚圖代表什麼意思? 01/15 02:09

22^F→IllMOR: researchgate上面的pdf應該是別人上傳的? 01/15 02:10

23^F→IllMOR: 出版社官網沒學術IP不給下載QQ 01/15 02:10

我用學術網路載下來看也是的同樣的圖喔peko

24^F推JOHN9814: 推peko 01/15 02:12

25^F推morichi: 差別就強調成果和強調目的吧老闆滿在意這個的Q.Q 01/15 02:12

26^F推arrenwu: 我了解妳說的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是 01/15 02:12

27^F→arrenwu: 連結到ResearchGate的那個 01/15 02:12

28^F推fragmentwing: 某個網站上有但我想我沒法在ptt上透漏是哪個網站 01/15 02:13

29^F→fragmentwing: 雖然我支持那網站理念不過目前那好像也算盜版 01/15 02:13

30^F推wadechen666: s開頭的那個？ 01/15 02:13

31^F→fragmentwing: 我最多只能說它和某知名成人網站名稱很像 01/15 02:14

32^F→fragmentwing: 恩恩 01/15 02:14

33^F推abadjoke: 我比較好奇他中間放的圖reviewer問的時候他是怎麼回的 01/15 02:14

34^F推IllMOR: 4-10不管這個吧@@" 01/15 02:14

35^F推arrenwu: 回說是個 Cartoon Character就好了吧 01/15 02:15

36^F→fragmentwing: 好像也對反正在八卦都能直接講的樣子 01/15 02:15

37^F推webberfun: https://i.imgur.com/T4uqldS.jpg 01/15 02:20

38^F→smart0eddie: 左轉 01/15 02:21

39^F推fragmentwing: 痾 IllMOR大不會還在找那個網站吧 scihub 01/15 02:26

40^F推r901700216: 嗯嗯差不多就是這樣講得很不錯嘛peko 01/15 02:28

41^F推LeeJing: 啥~小~啦~ 要不要吃~哈~蜜瓜 01/15 02:35

42^F推klaynaruto: 某網站有在讀paper的應該多少都知道吧公開的秘密 01/15 02:35

43^F推arrenwu: 我之前的學校什麼鳥但期刊都有買，所以不知道妳們在講啥 01/15 02:35

44^F→arrenwu: 網站XDDD 01/15 02:35

45^F推fragmentwing: 那網站某種意義上比Google 還好用 01/15 02:37

46^F推mayolane: 幸好我大致上還看得懂，化學系沒白念 01/15 02:38

47^F推inte629l: basis set是描述電子群波函數的數學基底嗎? 我只知道光 01/15 02:38

48^F→inte629l: 是氫原子就要用上奇奇怪怪的特殊函數了XD 01/15 02:39

49^F→mayolane: 氫原子是單電子系統所以沒長那麼奇怪啦 01/15 02:40

50^F推IllMOR: F大，其實我知道這個網站啦，但他資源應該也是別人上傳的? 01/15 02:41

51^F→IllMOR: 倒是researchgate顯示那張圖是來自作者本人... 01/15 02:42

放心啦我從PCCP官網上抓下來的paper圖也是這張，太油了peko

52^F推smart0eddie: 不一定有些作者自己會公開 01/15 02:42

53^F推fragmentwing: 可能覺得原本的一片白很空吧 01/15 02:43

※ 編輯: Nsquare (140.112.150.229 臺灣), 01/15/2021 02:49:02

54^F推lyt5566: 我來錯版了嗎peko 01/15 02:49

55^F→Nsquare: inte大，沒錯唷，和用來描述的函數以及函數數目有關 01/15 02:53

56^F推AdomiZA: 總之這跟In silico從DB撈資料再餵演算法爆開得解差不多 01/15 03:01

57^F推AbukumaKai: 原來如此我懂了peko 01/15 03:03

58^F推GGINDOWBOW: 是的 peko 我也是這麼想的 01/15 03:09

59^F推mmsw: 沒看文章想問一下這篇是用 ab initio 算的嗎 01/15 03:23

一開始的 CCSD 和 MP2 方法都算 ab initio 喔！

60^F推Everforest: 油油 01/15 03:24

61^F→rainxo6p: 嗯這裡是C洽沒錯沒有…迷路？ 01/15 03:48

62^F推smallkaka: 姆咪 01/15 04:39

63^F推aegis91086: 感謝論文說明 01/15 05:00

64^F推tsai1453: 可能從referee到editor都很油吧哈哈 01/15 05:42

65^F推nalthax: 哈哈哈哈 01/15 05:52

66^F推marktak: 好的凶真 Magical divine starlight breaker. 01/15 06:27

67^F推max410286: 恩跟我想的差不多peko 01/15 06:31

68^F→yeswecannot: 以後量子電腦出來超強計算能力直接ab initio硬解 01/15 06:31

69^F→yeswecannot: 現在還不是計算化學的黃金年代定位有點尷尬 01/15 06:31

我也在等那一天，但其實我已經轉跳去其他產業了XD 針對量子電腦的演算法改寫應該是另一件完全不同的事情就是了目前也沒有什麼量子電腦的資源能讓群眾開發

70^F推arrenwu: ab initio那作法確定用量子電腦做比較快了嗎？ 01/15 06:34

71^F推nickely: 原來如此peko 01/15 06:56

72^F推owlman: 我比較好奇用了角色要不要列在reference 01/15 07:20

73^F推naya7415963: ptt是學術論壇(驚覺 01/15 07:24

74^F推Alcatraz666: 嗯嗯跟我想的一樣 01/15 07:29

75^F推asderavo: 嗯嗯，那我是完全懂了peko 01/15 07:32

76^F推felixden: 看不懂啦 01/15 08:05

77^F推ceaher: 原來如此peko 01/15 08:26

78^F推cities516: 嗯原來如此 01/15 08:29

79^F推CorkiN: 嗯嗯原來如此peko 01/15 08:32

80^F推DMW9527: 哦哦哦peko 01/15 08:34

81^F推hduek153: 跟我看的差不多peko 01/15 08:39

82^F推wj12240522: Sci-h......... 01/15 08:43

83^F推bestteam: 李澤藩美術館免費參觀啊 01/15 08:50

原來如此，我最愛當免費仔了peko

84^F推joewang85: 原來是這樣阿peko 01/15 09:05

85^F推teachjinjin: 助手我老婆 01/15 09:19

86^F推miname: 版權沒問題啦，我不相信你各位論文用lena圖的有playboy授 01/15 09:44

87^F→miname: 權 01/15 09:44

88^F推gungunit: 不用考試的數理總是看起來特別有趣 01/15 09:46

年輕時曾經把電腦想像成魔鏡，覺得未來有一天電腦一定能回答所有人類想問的問題

89^F→JamesChen: 這沒有版權問題？ 01/15 09:52

90^F→JamesChen: 那我以後也來用 01/15 09:53

91^F推arrenwu: 我是覺得reviewer沒要求他換個比較簡單的圖挺妙的 01/15 09:54

92^F推AlianF: 至少我會願意讀我書報每天都是IR 頻譜分析QQ 01/15 09:56

93^F推qqqaz9527tw: 恩我也是這樣覺得 01/15 09:59

94^F→SeijyaKijin: El Psy Congroo 01/15 10:37

El Psy Congroo!

95^F推henry4204aaa: 太好了不需要IBN5100也能計算了 01/15 10:49

96^F推Arctica: 就說西恰一定行 01/15 11:52

97^F推gutalic: 點數挺高的 01/15 11:57

98^F推rayisgreat: 靠這paper給過真的鰻猛的 01/15 13:06

如果是我老闆一定先罵我一頓然後叫我換圖XDDDD

99^F→sochensun92h: 沒錯啊跟我想的差不多 01/15 13:16

100^F推SacrificesPi: 好你下次meeting再報一次 01/15 15:09

101^F推NicoNeco: 這一切都是stein gate的陰謀 01/15 15:10

102^F推sillymon: 我逐漸理解一切peko 01/15 17:04

103^F推aha8877: 恩恩原來如此，供三小 01/15 17:43

※ 編輯: Nsquare (123.194.179.237 臺灣), 01/15/2021 19:58:19

104^F推newest: https://i.imgur.com/T4uqldS.jpg 01/17 03:25

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26 [閒聊] 這篇paper有點油

34 c_chat 2021-01-14 00:07

73 >> Re: [閒聊] 這篇paper有點油

104 c_chat 2021-01-15 01:53

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